Della vita di San Clemente si sa ben poco (92-101 AD). Secondo il più antico elenco dei vescovi di Roma, fu il terzo successore a San Pietro.

Fu l’autore di una famosa Lettera ai Corinti, scritta intorno al 96 a nome della Chiesa di Roma per metter fine d’autorità ai disordini avvenuti in seno alla Chiesa di Corinto. La lettera è uno dei primi testimoni all’autorità della Chiesa di Roma e fu tenuta in così alta considerazione che, verso il 170 e ancora nel corso del VI secolo, a Corinto ne veniva data pubblica lettura, insieme con il Vangelo.

San Clemente è onorato come martire: documenti dal IV secolo raccontano come S. Clemente, durante l’impero di Traiano (98-117), fu condannato all’esilio in Crimea e ai lavori forzati nelle miniere. Ivi la sua attività missionaria tra i soldati e i compagni di prigionia incontrò tale successo che i Romani lo legarono ad un’ancora e lo gettarono nel Mar Nero. Qualche tempo dopo le acque si ritrassero rivelando una tomba costruita dagli angeli i quali avevano ricuperato il corpo del santo e gli avevano dato sepoltura.

L’altare maggiore della basilica è costruito sulla confessio o tomba di martire nella quale si trova un’urna contenente le presunte reliquie di San Clemente e di S. Ignazio.